NKÚ v kontrolním závěru konstatoval, že Ministerstvo pro místní rozvoj má obrovské rozpory v číslech, které vykazovalo. Některé informace v závěrečném účtu neodpovídaly údajům ve finančních výkazech nebo v účetní závěrce za rok 2016, další uvedlo ministerstvo nesprávně. Prostě na čísla ve výkazech ministerstva se není možno spolehnout. Podle kontrolorů nevedlo MMR správné, úplné a průkazné účetnictví. V účetní závěrce za rok 2016 zjistili kontroloři významné nesprávnosti za více než 8 miliard korun. Podle NKÚ tak účetní závěrka MMR za rok 2016 nepodává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. Není to tak, že by těch 8 miliard někdo ukradl. Je to ale o tom, že samo ministerstvo neví, jaká čísla jsou správná, vykázáním nesprávných zůstatků účtů podmíněných závazků je podávána nesprávná informace o nárocích na budoucí rozpočty. A s těmito nesprávnými čísly pracuje i parlament při schvalování rozpočtů v dalších letech.

V závěru je také napsáno, že MMR si na bankovních účtech u ČNB ponechalo prostředky mimo rozpočet, i když měly být v minulých letech součástí příjmů státního rozpočtu. Celkem se na několika účtech jednalo o více než 13 milionů korun.