Jedná se o vážný zásah do rozpočtů těchto škol (jde o 10 až 30%). Tyto školy by nadále jen obtížně naplňovaly základní standard vzdělávání a řada z nich by patrně byla nucena ukončit činnost.

Klíčové je, že tvrzení uvedená v Důvodové zprávě, totiž že: „Právní úprava má docílit srovnatelnosti pravidel financování ‘církevních’ škol a školských zařízení s financováním škol a školských zařízení ostatních zřizovatelů, zejm. obcí a krajů, kde náklady na provoz hradí zřizovatel.“, resp. „Právní úprava má sjednotit účelové určení financování soukromých škol a školských zařízení s účelovým určením prostředků poskytovaných ze státního rozpočtu školám a školským zařízením veřejných zřizovatelů.“, jsou zcela zavádějící. Školy a školská zařízení zřizovaná obcemi a kraji čerpají sice prostředky dvěma způsoby – přímo od MŠMT a prostřednictvím svého zřizovatele –, ale tyto dotace mají vždy pouze jediný zdroj: MŠMT (přesněji: státem vybrané daně), stejně jako je tomu u škol soukromých a církevních.

Ve svém důsledku se samozřejmě jedná o diskriminaci dětí a rodičů, kteří se rozhodnou zapsat své děti do soukromých a církevních škol. Ano, nehorázné – ale u nás nikoli výjimečné. Stát má dbát na dodržování standardů vzdělávání (a jiných nutných standardů: bezpečnost, hygiena... ale neodbíhejme) – a jinak nemá mezi školami a jejich zřizovateli jakkoli rozlišovat. Zejména tedy, pokud přiděluje „na žáka“ dotace školám veřejným (státním), má je ve shodné výši přidělovat i školám soukromým a církevním. Odklon od tohoto principu by pak znamenal podstatné a ničím neoprávněné znevýhodnění rodin, jejichž děti se nevzdělávají ve veřejných školách. To by v konečném důsledku vedlo k unifikaci – etatisaci školství. A s ohledem na skutečnost, že se v krátké době jedná již o třetí krok stejným směrem ((1) odmítnutí zařadit domácí vzdělávání na druhém stupni ZŠ po mnohaletém úspěšném testování do „standardního provozu“, jak bylo již vtěleno do návrhu novely školského zákona, (2) urputná snaha dostat za jakkoli vysokou cenu všechny děti v daném věku do školek), se nelze vyhnout domněnce, že právě etatisace je skutečným záměrem všech těchto opatření. Působí to dojmem, že konstruktéři těchto „vymožeností“ jsou stoupenci hesla „Vše ve státě, nic proti státu, nic mimo stát.“ (Benito Mussolini). Než ale takový vývoj, to raději nechť je vyplácena rodinám se školou povinnými dětmi příslušná částka „na ruku“ a je v adekvátní výši zavedeno školné i na veřejných školách. Takové řešení by znamenalo odklon od bezplatného základního školství, ale bylo by spravedlivější, než stav, který případně nastane po realisaci návrhu MŠMT.