Hořící běžel přes křižovatku od kašny pod muzeem k Washingtonově ulici, kde se jej pokusil svým kabátem uhasit výhybkář Dopravního podniku. S rozsáhlými popáleninami (III. stupně na 85 % povrchu těla) byl převezen na Kliniku popálenin FNKV a LFH UK v pražské Legerově ulici.

Zde s ním byl na magnetofonový pásek natočen krátký rozhovor, v němž Palach hovořil o příčině svého činu. V záznamu se zmiňuje o pasivitě lidí, vystupuje proti rozšiřování Zpráv – deníku vydávaného sovětskými okupanty, a požaduje generální stávku. Z rozhovoru je patrné, že byl pod utišujícími léky a měl značné bolesti. Svůj čin nenazval sebevraždou, ale akcí.

O tři dny později svým zraněním podlehl. Jakkoli s takovou formou protestu nesouhlasím, oběti Jana Palacha si vážím. Ač mi bylo tehdy jen 13 let, velmi dobře si pamatuji, co jeho čin ve společnosti vyvolal a jaký nám zanechal odkaz. Svojí formou protestu a osobní tragickou smrtí tehdy oslovil celý svět. Jan Palach ošetřující sestře po transportu do Legerovy ulice na nosítkách řekl: "Udělal jsem to proto, aby odešli Rusové". Den jeho smrti označil Parlament jako významný. Jak Palach byl první, kdo našel odvahu k takovému protestu. Nebyl však poslední.

V prvních měsících roku 1969 došlo k vlně sebevražedných pokusů mladých lidí, kteří následovali Jana Palacha. Po Palachovi se do konce dubna 1969 pokusilo o sebevraždu 26 lidí, z toho 7 zemřelo.