Ústav porušil zákon, když nestanovil pracovníky zodpovědné za kontrolu nákupů a hospodaření. V dané době tedy vnitřní systém kontroly Státního zdravotního ústavu vůbec nefungoval.

„V českém zdravotnictví to bohužel není ojedinělý jev. Netransparentnost a špatně nastavené nebo vůbec neexistující kontrolní mechanismy jsou jednou z příčin toho, proč v našem zdravotnictví mizí stamiliony. Počínaje nemocnicemi, kdy jsme nedávno upozorňovali na nevýhodné nákupy zdravotnických materiálů v nemocnici Na Homolce, přes zřizování předražených nefunkčních registrů, až po nákupy Státního zdravotního ústavu,“ kritizuje pirátský poslanec a místopředseda kontrolního výboru Lukáš Černohorský.

Státní zdravotnický ústav podle NKÚ porušil zákon při nákupech speciálního zdravotnického materiálu pro přístroje na testování HIV a žloutenek. Celkem šlo o dodávky za 39 milionů, které bez výběrového řízení přihrál dodavateli jednoho z přístrojů. Ústav od tohoto dodavatele několik let nakupovat také speciální zdravotnický materiál na základě platné smlouvy. V roce 2014 ale začal odebírat další materiál, který už do smlouvy zahrnut nebyl. Ústav měl v tu chvíli podle zákona vyhlásit transparentní výběrové řízení. Místo toho ale obcházel zákon a zakázky v hodnotě až 15 milionů rozděloval na menší. Ty pak bez výběrového řízení přihrával onomu dodavateli. A nejedná se o jediné pochybení tohoto typu. Také v dalším případě ústav přidělil zakázku na speciální zdravotnický materiál za sedm milionů přímo bez jakéhokoliv zadávacího řízení.