Do poloviny erbu na vlajce vsadili zlatou lebku a tuto pirátštější verzi využívají na Facebooku jako profilovou fotku. Primátorka města Alena Rašková zareagovala rozhořčeným emailem, v němž žádá o stažení této fotografie, a hrozí případnou žalobou. Přestože Piráti nepozměnili znak, nýbrž vlajku (která se odlišuje žlutomodrým pozadím), primátorka píše o zhanobeném znaku. Označuje pirátské počínání za „neoprávněné užívání“, k němuž obec neudělila souhlas, ačkoliv podle stanoviska ministerstva vnitra „užívání vlajky obce nelze podmínit souhlasem obce či jiným jejím aktem.“

Symboly městských samospráv jsou z ochrany autorského práva výslovně vyjmuty, nehledě na to, že Piráti nezamýšleli obecní symbol poškodit nebo znevážit, a tudíž se nejedná o hanobení. Rozdíly navíc existují i u vlajky a znaku, které jsou zveřejněny zveřejněných na webu ministerstva a těmi, které jsou publikovány publikovanými na webu samotného města Prostějova. Jinou verzi znaku užívá i městská policie.