Faktické důvody zamítnutí námitek v rozhodnutí zcela chybí. Prokazatelně věcné námitky Prahy 5 byly namířeny proti vadně zpracovanému stanovisku EIA, které nerespektovalo faktický stav zátěží souvisejících zejména s provozem rekreačních lodí na Vltavě, kterým má nová komora sloužit.

Jednou z hlavních námitek byl rozpor stavby s ochranou Pražské památkové rezervace UNESCO, kdy stavba naprosto necitlivě zasahuje památkové ochrany centra Prahy. To bylo také důvodem zásahu Ministerstva kultury, které na jaře změnilo rozhodnutí orgánů památkové péče a prohlásilo stavbu plavební komory za nepřípustnou. Došlo by totiž k naprostému zničení jediného klidového úseku řeky v centru Prahy, který vytváří říční zrcadlo mezi Šítkovským a Staroměstským jezem. Zcela by pak vymizela malá rekreační plavidla a řeka by v této části ztratila svůj genius loci, který více jak 100 let funguje ve prospěch obyvatel Prahy.