Zástupci zemí Evropské unie projednali především výsledky referenda o setrvání Velké Británie v EU. Zasedání Evropské rady dále dominovala témata migrace a její vnější aspekty, hospodářské otázky, investiční plán, krize na zemědělských komoditních trzích, obchodní politika, vnější vztahy a evropská globální strategie.

Premiér Sobotka dnes také navázal na tradici pravidelných bilaterálních jednání s nejvyššími představiteli unijních institucí. Setkal se se stálým předsedou Evropské rady Donaldem Tuskem a následně s předsedou Evropského parlamentu Martinem Schulzem. Hlavním tématem byly výsledky britského referenda a budoucnost Evropské unie. Dalšími body jednání byly migrace a hospodářské otázky včetně krize v zemědělském sektoru.

Ještě před začátkem zasedání Evropské rady se v rámci tradiční koordinace setkali předsedové vlád zemí Visegrádské skupiny. Český premiér Bohuslav Sobotka, premiérka Polska Beata Szydlová, premiér Maďarska Viktor Orbán a premiér Slovenska Robert Fico přijali společné prohlášení, ve kterém se vyjadřují k nutnosti reformy EU a další spolupráci ve formátu 27 členských zemí.

Ve středu 29. června 2016 bude premiér Sobotka jednat s předsedou vlády Slovenské republiky Robertem Ficem a spolkovým kancléřem Rakouské republiky Christianem Kernem v takzvaném Slavkovském formátu o pokračování intenzivnější sousedské spolupráce.

Poté bude pokračovat zasedání Evropské rady ve formátu 27 zemí.

„Dnešní zasedání Evropské rady by mělo zahájit neformální debatu o tom, jak změnit Evropskou unii, aby byla akceschopnější, efektivnější, pro občany přitažlivější a užitečnější. Podporuji zároveň návrh, aby se v září uskutečnil mimořádný summit Evropské rady. Toto neformální setkání by nám mělo pomoci vyjasnit si priority dalšího fungování EU a měli bychom se pokusit shodnout na změnách v politice EU. Myslím si, že do září bude čas na to, aby si zástupci všech dvaceti sedmi zemí připravili návrhy, které by vedly ke společnému konsenzu nad tím, co je pro nás v příštích měsících a letech pokud jde o pokračování společného evropského projektu důležité. Tyto závěry by měly posílit EU a zdůraznit její pozitivní vliv na život občanů v evropských zemích,“ uvedl premiér Sobotka.

V pondělí 27. června 2016 se předseda vlády Bohuslav Sobotka v rámci cesty do Bruselu setkal společně s komisařkou Věrou Jourovou s Čechy pracujícími v institucích Evropské unie.