Pravidelný provoz Vindobony byl zahájen s novým jízdním řádem na začátku léta 1957. Ve své době patřila Vindobona mezi nejluxusnější a nejrychlejší vlaky východní Evropy. Od ostatních klasických spojů tehdy ještě s parními lokomotivami se lišila také tím, že byla provozována elegantní motorovou jednotkou aerodynamického tvaru. Díky tomu byla Vindobona přirovnávána k západoevropským luxusním vlakům Trans Europ Express. Ještě v době svého provozu se stala legendou. Dnes Prahu a Vídeň spojují každé dvě hodiny nové, moderní rychlovlaky railjet.    

První jízda byla určená pro novináře a měla představit nové, rychlé a komfortní spojení široké veřejnosti. Proto vznikl i krátký propagační film. Vindobonu se mohl mezi Prahou a Berlínem svézt prakticky každý, ale do Vídně s ní mohl cestovat jen málo kdo. I díky tomu měla nádech tajemných nedostupných cílů. Díky provozu elegantních aerodynamických motorových jednotek až do roku 1979 se také odlišovala od všech ostatních vlaků a při své jízdě tak vzbuzovala pozornost kolemjdoucích, cestujících i zaměstnanců železnice. Až do roku 1989 patřila mezi několik málo spojů, které překonávaly „železnou oponu“ do západní Evropy.

Mezi nejrychlejšími vlaky své doby

Vindobona patřila na počátku svého provozu k nejrychlejším vlakům východní Evropy, i když z dnešního pohledu se jedná o směšně dlouhé cestovní časy a nízké rychlosti. Oproti běžným vlakům však byla o desítky minut rychlejší. V prvním roce provozu urazila cestu z Berlína do Vídně za 12 a čtvrt hodiny, což bylo o 6 hodin rychleji, než dosavadní nejrychlejší spojení. Trasu mezi Prahou a Berlínem překonala za méně než 6 hodin, skoro o hodinu rychleji než dosavadní nejrychlejší vlak a dobře o hodinu a půl až dvě hodiny rychleji než běžný mezistátní rychlík. Také cesta mezi Prahou a Vídní se podstatně zkrátila, když o rok dřív trvalo přímé spojení přes Břeclav 9 hodin, zatímco nový motorový expres jel přes Tábor a Třeboň a do Vídně dojel za přibližně 5 a půl hodiny.

Tyto cestovní časy se po dlouhá desetiletí zásadně neměnily a posouvaly se jen o několik minut, maximálně několik málo desítek minut. Cestovní časy dosahované od konce 50. do konce 80. let odpovídaly mezi Prahou a Berlínem průměrné rychlosti 64 až 70 km/h a mezi Prahou a Vídní průměrné rychlosti přibližně 60 až 64 km/h.