Od roku 2023 připravovaná transformace celní správy vychází z přijaté strategie Generálního ředitelství cel na období let 2023 až 2026 a reaguje mimo jiné na potřebu zvýšení efektivity, dosažení úsporných opatření, snížení administrativní zátěže podnikatelů a posílení moderního řízení veřejné správy.

Výhodou nového uspořádání je rozšíření působnosti nově vzniklých celních úřadů přes hranice krajů, což umožní např. hlídkám dohledu operativněji reagovat v terénu. Nástupnický Celní úřad v Praze dostane pod svá křídla Celní úřad Praha Ruzyně, a Celní úřad v Brně vysočinské celníky ze Stříteže u Jihlavy. Celní úřad v Liberci vznikne sloučením čtyř celních úřadů – pro Liberecký, Ústecký, Královehradecký a Pardubický kraj. Celní úřad v Plzni rozšíří působnost o Jihočeský a Karlovarský kraj a Celní úřad v Ostravě vzniká spojením stávajících Celních úřadů pro Moravskoslezský, Olomoucký a Zlínský kraj. Nově se zřizuje i Celní úřad pro Středočeský kraj, jehož působnost se omezuje na region Střední Čechy z důvodu koncentrace velkého počtu podnikatelských subjektů.