V rezervaci má přednost přirozená obnova lesa před umělou. Lesníci tedy čekají, až se v půdě ujmou semena rostoucích dřevin. Tis, který patří k původním dřevinám, se ale vyskytuje v tamějších lesích jen výjimečně. Proto je třeba ho vysadit. „I přes dlouhodobé výkyvy počasí a sucho se všechny sazenice ujaly, jsou vitální a přirostly o centimetr. Prosvětlené staré bučiny jim poskytují dobré podmínky k životu,“ vysvětlil Ludvík Řičář, ředitel Krajského ředitelství Lesů ČR v Liberci. Karlovské bučiny chrání pětikilometrové oplocení. I přesto ale každá sazenice dostala samostatný oplůtek ze svařovaného pletiva, který ji chrání před spárkatou zvěří. Ta poškozuje zejména mladé dřeviny okusem, ohryzem a loupáním.