Nejvyšší kontrolní úřad vydal kontrolní závěr z akce, která prověřovala poskytování, čerpání a užití peněžních prostředků určených na ochranu a péči o přírodu a krajinu z rezortu MŽP v letech 2013 až 2015. V tomto období bylo z Operačního programu životní prostředí 2007-2013 (EU prostředky), prioritní osy 6 – zlepšování stavu přírody a krajiny, rozděleno přes 8 miliard korun. Program a jeho cíle a hodnocení byly nastaveny už v letech 2006 a 2007. V rámci národních programů (PPK a PPOFK), které jsou cíleny na udržení stavu těch nejcennějších částí přírody, pak bylo na ochranu přírody a krajiny rozděleno dalších cca 500 milionů korun. MŽP odmítá závěr NKÚ, že by vynaložené prostředky do ochrany přírody a krajiny nepřinesly výrazné zlepšení.

K závěrům NKÚ je nutné především zdůraznit, že cíle a hodnocení OPŽP 2007-2013, ze kterého byla v letech 2013-2015 financována podstatná část projektů ochrany přírody v České republice, byly nastaveny už v letech 2006 a 2007, a to na základě zkušeností z předchozích období a tehdejších analýz. Cíle OPŽP 2007 – 2013 byly navíc nastaveny v souladu s tehdy platnou „Metodikou pro přípravu programových dokumentů pro období 2007 – 2013 pro operační programy“. Cíle a indikátory programu (programové i konkrétnější projektové) následně schválila přímo Evropská komise a Monitorovací výbor OPŽP (složený z poslanců, zástupců průmyslu i ekologických organizací, odborníků na problematiku ŽP ad). Samo NKÚ pak ve svých závěrech upozorňuje, že parametry nastavené v současném OPŽP 2014-2020, který připravilo nové vedení MŽP a Státního fondu životního prostředí ČR, jsou dle NKÚ nastaveny lépe.

MŽP odmítá závěr NKÚ, že by vynaložené prostředky do ochrany přírody a krajiny nepřinesly výrazné zlepšení

Kontroloři Nejvyššího kontrolního úřadu své závěry o účinnosti dotačních prostředků totiž opírají o data o úbytku orné půdy nebo o kvalitě vodních toků. To jsou složky životního prostředí, které samy o sobě nevypovídají o stavu ochrany přírody a krajiny. Navíc do těchto oblastí dotační prostředky na ochranu přírody a krajiny z programů MŽP vůbec nesměřují! Kontroloři tak svoje „účetní postupy“ aplikují na ochranu biodiverzity, aniž by rozlišili co je ochrana přírody a co není.