Ministerstvo financí coby nástupnický subjekt Fondu hospodaří s příjmy z privatizace (v současnosti především dividendy ČEZ), které jsou ukládány mimo státní rozpočet na tzv. zvláštních účtech privatizace. Tyto účty jsou vedeny odděleně od státního rozpočtu s cílem, aby výnosy z privatizovaného majetku sloužily k úhradě právě těch závazků státu, které souvisely s privatizací. Jedná se zejména o likvidace ekologických škod, k níž se stát při privatizaci zavázal. Od samotného počátku však zákon připouštěl také použití na jiné, neprivatizační účely. Tyto neprivatizační účely se postupem času staly hlavními výdajovými tituly hrazenými z tohoto zvláštního účtu a navíc se k nim postupně, dílčími novelami zákona, přidávaly další a další. Z privatizačních zdrojů tak byly hrazeny četné vládní projekty. Například již v roce 2007 investovala vláda z tohoto účtu do oblastí nesouvisejících s privatizací (zejména do Státního fondu dopravní infrastruktury) 21 mld. Kč, o rok později to bylo dokonce téměř 34 mld. Kč.

Od roku 2012 byla uzákoněna možnost převádět prostředky z výnosů privatizace do státního rozpočtu. Často se v této souvislosti uvádí, že tyto prostředky měly sloužit na krytí schodku důchodového účtu. Je ale třeba si uvědomit, že ve chvíli, kdy jsou prostředky převedeny do rozpočtu, stávají se příjmy státního rozpočtu a jsou k nerozeznání od jiných příjmů rozpočtu, typicky daní. Od roku 2012 bylo do státního rozpočtu převáděno průměrně 10 mld. ročně, a to při zachování bezpečného zůstatku na krytí privatizačních výdajů, zejména nejvýznamnější ekologie.