Společné průzkumy napomáhají vládám zemí v povodí Dunaje naplňovat Úmluvu o spolupráci pro jeho ochranu i únosné využívání a naplňovat požadavky rámcové směrnice o vodě, pomáhají rozhodovat o opatřeních v oblasti životního prostředí. Tyto mezistátní expedice jsou příkladem efektivní mezinárodní spolupráce všech podunajských zemí, počínaje Německem a konče Rumunskem, zahrnující jak členské, tak i nečlenské státy Evropské unie.

Společný průzkum Dunaje si vytyčil následující tři hlavní cíle: získat data pro ukazatele, které obvykle nejsou monitorovány a analyzovány v programech monitoringu; shromáždit informace o environmentálních proměnných a vodních organismech ve formátu, který je snadno porovnatelný mezi jednotlivými regiony a zeměmi; zvýšit veřejné povědomí o stavu a kvalitě podunajských vod a o pokračujícím úsilí v ochraně a obnově říčních ekosystémů. Výsledkem průzkumu bude mj. monitoring rozšíření invazních nepůvodních druhů, identifikaci specifických znečišťujících látek v povodí Dunaje, průzkum kvality sedimentů, hydromorfologické hodnocení, screening kvality poříčních podzemních vod, testování nových metod (např. vzorkování mikroplastů v povrchových vodách a jejich analýza). Získaná data umožní také zajímavé porovnání vývoje kvality a stavu vod a jejich společenstev v dlouhodobém horizontu. Jakost vody povodí Dunaje se sleduje od roku 1992 a poskytuje vyvážený pohled na stav znečištění vod a dlouhodobé trendy v kvalitě včetně stanovení míry zatížení jednotlivých významných řek v povodí Dunaje.