Odborní náměstci na MZ řídí sekci zdravotní péče (na pozici náměstka bylo vyhlášeno výběrové řízení, nyní zastupuje Tom Philipp), sekci zdravotního pojištění (náměstek Tom Philipp), sekci legislativy a práva (náměstek Radek Policar), sekci ochrany a podpory veřejného zdraví (hlavní hygienička ČR a náměstkyně Eva Gottvaldová), sekci organizačních věcí státní služby (státní tajemník a náměstek Ivo Beneda), sekci ekonomiky a přímo řízených organizací (náměstek Petr Landa), sekci majetkových a mezinárodních věcí (náměstkyně Lenka Taie Kolaříková) a sekci strategií (náměstkyně Lenka Melicharová Ptáčková).

Sekce strategií a sekce majetkových a mezinárodních věcí tedy vznikly 2. března 2015 zcela nově. Do těchto sekcí bývalý ministr zdravotnictví přerozdělil útvary, které do té doby fungovaly v kompetenci původních náměstků.

„Takto nastavená organizační struktura znamenala výkon obdobných agend různými sekcemi a neúčelné zařazení některých útvarů. Například ekonomické útvary mají logicky spadat do gesce náměstka pro ekonomiku a přímo řízené organizace. Místo toho jsem některé nalezl pod náměstkyní pro majetkové a mezinárodní vztahy. Další nově vytvořená sekce strategií odpovídala například za chod oboru vnějších agend, který přitom nepochybně patří do přímé působnosti ministra, jako je tomu i na ostatních ministerstvech. Má totiž na starosti vládní a parlamentní agendu. Tedy se nejedná o žádné strategie, ale jasně dané úkoly,“ jmenoval příklady změn ministr Miloslav Ludvík.

Struktura úřadu se tak, s výjimkami politických náměstků a státního tajemníka, vrací do podoby na začátku roku 2015. Z hlediska personálního jsou zrušena 2 služební místa náměstků pro řízení sekce a 2 služební místa ředitelů odborů. Změny jsou vůči státnímu rozpočtu neutrální. Místo zrušených vedoucích pozic vzniknou pozice řadových státních zaměstnanců, což umožní v souladu se služebním zákonem získat další kvalifikované kolegy pro posílení některých oddělení.