NKÚ zkontroloval projekty za téměř 260 milionů korun. Z kontroly mimo jiné vyplynulo, že MŠMT při podpoře regionálního školství nezohlednilo skutečné potřeby v regionech. Při rozdělování dotací pak postupovalo v určitých případech netransparentně a znevýhodňovalo některé příjemce. Navíc nebylo důsledné při kontrolování a vymáhání dodržování podmínek dotace. Nedostatky zjistili kontroloři i u příjemců. Porušovali podmínky dotace i právní předpisy.

MŠMT vytvořilo dva programy, jeden pro speciální školství a druhý pro regionální školství. Ty měly prostřednictvím dotací zlepšit podmínky v dětských domovech, výchovných ústavech, speciálních školách zřizovaných MŠMT anebo vytvořit nové výukové kapacity v regionálních školách zřizovaných obcemi, městy či kraji. Většina prostředků tak byla určena na výstavbu, rekonstrukci nebo modernizaci těchto zařízení a zlepšení jejich vybavení.

U programu pro regionální školství MŠMT vybralo 12 projektů k podpoře, aniž by si předem zjistilo skutečné potřeby v regionech. Projekty navíc vybralo v době, kdy nemělo schválen objem peněz ze státního rozpočtu a nebyly stanoveny ani cíle programu. Více než 17 miliony korun tak podpořilo i projekty, které byly dokončeny ještě předtím, než měl celý program schválenu dokumentaci.