IS ESF slouží ke sledování údajů o osobách, na které byla směřována pomoc z Evropského sociálního fondu. Mezi tyto údaje patří například vzdělání, postavení na trhu práce, věk a pohlaví, ale i typ a rozsah podpory, která se s danou osobou pojí. Smyslem tohoto systému je sledování údajů o podpořených osobách na základě požadavků Evropské unie. Resort prostřednictvím údajů z IS ESF může také lépe cílit dotace nebo vyhodnocovat jejich dopad. IS ESF vznikl na základě požadavků Evropské unie.

Kontroloři našli v IS ESF některá slabá místa, která se týkala přesnosti a komplexnosti dat, nedostatečného využívání informačního systému ke kontrolám nebo také úhrad určitých služeb. Celkově však NKÚ z pohledu peněz vynaložených na vývoj, rozvoj a provoz IS ESF zásadní chyby neodhalil.

V IS ESF například u 155 tisíců lidí z celkem 450 tisíců chyběla informace o tom, jestli působí ve veřejném či soukromém sektoru. Dále u téměř poloviny z více než 827 tisíců záznamů chyběla informace, zda jde o zaměstnance, nebo OSVČ. Příjemce podpory mohl také do systému zadávat údaje, které se vylučují. To zvyšovalo riziko vzniku chyb.