Kontrola se týkala i údajů předkládaných pro hodnocení plnění státního rozpočtu. V těchto údajích a v závěrečném účtu MŽP zjistili kontroloři jen drobné nedostatky. V účetní závěrce ale vykázalo MŽP některé údaje chybně.

Ministerstvo například chybovalo při vykázání povolenek na emise skleníkových plynů, které jsou specifickým nehmotným majetkem. Ministerstvo tyto povolenky nesprávně ocenilo ke dni jejich zařazení do majetku. Když je pak k datu sestavení účetní závěrky ocenilo reálnou hodnotou, vyčíslilo nesprávně rozdíl z tohoto přecenění.