Ministerstvo podle kontrolorů nemá jasně stanovené cíle podporovaných programů ani jasná hodnoticí kritéria. Nemůže tak posoudit, jaký měly vyplacené prostředky dopad. Při rozdělování dotací navíc postupovalo netransparentně a porušovalo svá vlastní pravidla. Nefungovala ani kontrola příjemců ze strany MŠMT. Pochybení našel NKÚ také u samotných příjemců dotací.

Z materiálů MŠMT není jasné, čeho chce podporou práce s dětmi a mládeží dosáhnout. Nemá tedy podle čeho hodnotit, jestli měly rozdělené dotace skutečný dopad. Jediným ukazatelem, který resort sleduje, je objem peněz vydaných ze státního rozpočtu na jednotlivé projekty. Podporu přitom od něj dostává každý rok více než stovka organizací.

Podle kontrolorů postupovalo ministerstvo v letech 2014 a 2015 při rozdělování dotací netransparentně. Nezveřejnilo žádná kritéria, podle kterých se měly žádosti NNO o dotaci posuzovat a vybírat. Výběr projektů ministerstvo zprůhlednilo až v roce 2016.