Kontroloři odhalili nedostatky hlavně v oblasti financování, hodnocení a posuzování jednotlivých projektů. Kromě Regionální rady Regionu soudržnosti Jihozápad zkontroloval NKÚ i sedm konkrétních projektů. Šlo o akce Nemocnice České Budějovice, Nemocnice Tábor, společnosti Privamed Plzeň a Zdravotnické záchranné služby Plzeňského kraje.

Regionální rada špatně nastavila indikátory, které měly mimo jiné sloužit k hodnocení projektů a stanovení jejich optimálních rozpočtů. Hodnoty těchto indikátorů neodpovídaly reálným cenám, takže neměly žádnou vypovídací schopnost. Například při nákupu vybavení jednotky intenzivní péče v Nemocnici Tábor by optimální cena byla podle indikátorů regionální rady téměř 260 milionů korun. Skutečná cena ale činila necelých 21 milionů korun. Podle takto nastavených indikátorů nemohla regionální rada vyhodnocovat, jestli investice v regionálních zdravotnických zařízeních byly skutečně efektivní.