Jak se za tyto peníze zlepšilo vzdělávání a zda stát získal odpovídající hodnotu za peníze, totiž resort nesledoval. Nedostatky odhalil NKÚ i u projektů – vysoké školy například u devíti ze třinácti kontrolovaných projektů porušily podmínky poskytnutí dotace. Celkově resort podpořil 600 projektů napříč 26 veřejnými vysokými školami. Vyplývá to z kontroly NKÚ zaměřené na obnovu materiálně-technické základny vybraných vysokých škol [1] v letech 2017 až 2023.

MŠMT si před rozdělením peněz neurčilo, co přesně chce zlepšit, jak úspěch pozná nebo podle čeho bude výsledky hodnotit. Strategické dokumenty postrádaly konkrétní a měřitelné cíle – místo toho obsahovaly obecné formulace bez termínů, výchozích hodnot nebo ukazatelů dopadu. Resort tak nemohl ověřit, jak a jestli miliardy korun skutečně vedly ke zlepšení kvality výuky, nebo zda přispěly například jen k výstavbě a nákupům bez potřebného efektu. MŠMT při rozdělování peněz sledovalo jen parametry – často technické –, ze kterých neplyne, jak se zlepšila výuka. Jednalo se například o počet nových učeben, obestavěný prostor, celkovou užitkovou plochu a podobně.