V rámci vedení účetnictví Národního fondu vykazovalo Ministerstvo financí neexistující pohledávky za Evropskou komisí za programové období 2004–2006, a to ve výši zhruba 600 milionů korun. Riziko nesprávného vykázání pohledávek za Evropskou komisí v souvislosti s programovým obdobím 2004–2006 je ale vyšší – týká se celého v rozvaze vykázaného nároku ve výši téměř 5,7 miliardy korun. NKÚ v této souvislosti rovněž upozorňuje na reálné riziko, že pokud MF nezmění stávající postupy, bude i za programové období 2007–2013 v účetní závěrce za rok 2018 vykazovat neexistující pohledávky spojené s evropskými penězi.

MF dále v účetní závěrce za rok 2017 vykázalo rozvahové závazky vůči subjektům, jimž byly předfinancovány výdaje, a to ve výši přesahující 5,6 miliardy korun. U těchto závazků přitom není jisté, jestli budou v plné výši uhrazeny.