Nejčastěji zjišťovaným (více než pětina případů) nedostatkem je porušení zásad správné výrobní a hygienické praxe, následují prohřešky při manipulaci s produkty, nedostatky v označování výrobků a prokazování jejich původu. Zhruba při pěti procentech kontrol bývá zjišťováno nedostatečné čištění a sanitace výrobního zařízení.

Důležitou částí veterinárního dozoru jsou tzv. kontroly v místě určení. Při nich jsou na základě povinného hlášení o příchodu zásilky, kontrolovány u příjemců zásilky živočišných produktů ze zahraničí. Těchto kontrol bylo během prvního pololetí provedeno více než 3600, závada byla zjištěna při 115 z nich. Převažují administrativní nedostatky, zejména chybějící hlášení o příchodu zásilky, které tvoří nadpoloviční většinu závad.