Komplexní rekonstrukcí projde více než 9 km tratě, což zahrnuje kromě úseku mezi Křižanovem a Skleným nad Oslavou také obě jmenované stanice. V nich se zrenovuje železniční svršek a spodek, potřebné úpravy se provedou na trakčním vedení. Přestavbou projdou obě ostrovní nástupiště, výška nástupní hrany bude 550 mm nad kolejí. Bezbariérový mimoúrovňový přístup na nástupiště bude v Křižanově z podchodu s využitím nových výtahů, ve stanici Sklené nad Oslavou pak šikmými přístupovými chodníky. Vybrané výhybky budou vybaveny elektrickým ohřevem. Rychlost v hlavních staničních kolejích se zvýší až na 140 km/h.

Téměř stejné práce proběhnou i v mezistaničním úseku Křižanov – Sklené nad Oslavou. Jediný železniční přejezd v řešeném úseku bude rekonstruován. Modernizací projde kromě sdělovacího také zabezpečovací zařízení, a to nejen na hlavní trati a ve stanicích, ale i na navazující regionální železnici do Velkého Meziříčí.