Karty mohou sloužit k monitorování chování jednotlivých uživatelů a zlepšování podmínek služeb, příp. pro marketingové účely, vč. využívání údajů o místu využívání karet, tj. také o místu pobytu fyzických osob. Různorodost jednotlivých účelů zpracování údajů klade na správce a zpracovatele velký nárok na technická a procedurálních opatření na ochranu soukromí a osobních údajů zákazníků.

Úřad pro ochranu osobních údajů upozorňuje na níže uvedené zásady pro provoz elektronických karet v dopravě, neboť se v poslední době více setkával s dotazy veřejnosti na používání elektronických karet ve veřejné hromadné dopravě.

Uvedenou problematikou se již zabývala pracovní skupina WP29 a Evropská komise nechala pro tuto oblast zpracovat expertní studii Study on Public Transport Smartcards.