Netopýr rezavý je silně ohroženým druhem a stejně jako všichni ostatní netopýři patří v České republice mezi zákonem chráněné živočichy. Více než tříletý monitoring České společnosti pro ochranu netopýrů ukazuje, že výskyt nejen tohoto, ale i několika dalších druhů netopýrů v budovách je poměrně běžný a lze ho očekávat prakticky všude, kde se dosud nachází potenciální úkryty -- přístupné dutiny za větracími průduchy do podstřeší, volné spáry mezi panely, štěrbiny za obložením štítů, střech apod. "Netopýři využívají tyto úkryty nejen v letních měsících pro odchov mláďat, ale především jako zimoviště. Často zde při tom vytváří početná seskupení desítek až stovek jedinců. Díky skrytému způsobu života však jejich přítomnost snadno uniká pozornosti. Proto je nezbytné při plánování rekonstrukce budovy či její demolice s výskytem netopýrů počítat a zajistit předem preventivní odborný průzkum," říká Dita Weinfurtová z České společnosti pro ochranu netopýrů.