Seehofer se v roce 2010 postaral o prolomení politických ledů mezi Prahou a Mnichovem, když jako první bavorský premiér oficiálně navštívil českou metropoli. V posilování vztahů mezi nejlidnatější německou spolkovou zemí a Českem chce pokračovat. „V příštích měsících otevřeme bavorské zastoupení v Praze. To je také historický krok, obvykle Německo v jiných zemích zastupuje pouze spolková vláda," prohlásil.