Před soudem, kde čelil obžalobě za zneužití pravomocí, totiž citoval z odposlechů, které měly být údajně pořízeny v rámci kauzy Bereta. V té byli vloni obviněni: detektiv protikorupční policie Radek Holub, celník Pavel Šíma, bývalý policista Igor Gáborík a pražská žalobkyně Dagmar Máchová.

Když Komárek u soudu citoval z odposlechů, nepřímo se zastal šéfa hnutí ANO Andreje Babiše, který je s bývalými detektivy v kontaktu a tvrdě kritizoval reorganizaci policejních sborů, jež následovala nějaký čas po zatýkání v kauze Bereta. Komárek před soudem naznačil, že vyšetřování známé kauzy Čapí hnízdo mohlo být zmanipulované ze strany lobbisty Ivo Rittiga. Na Komárkovu výpověď před soudem přitom, zřejmě čirou náhodou, upozornily dva servery z Babišovy stáje (nyní ve svěřenském fondu): idnes.cz a lidovky.cz.

Jiří Komárek přitom podle všeho citoval z odposlechů v kauze Bereta, ke kterým dosud nemají přístup ani sami obvinění. Zadělal si tím na další možný problém. Jeho výpovědi se ihned chytil Andrej Babiš, který začal hovořit v souvislosti s vyšetřováním Čapího hnízda (které vyšetřuje mimo jiné i evropský úřad proti podvodům OLAF) o mafii.