V září policie obvinila Thomu a jednoho bývalého vedoucího odboru magistrátu ze zneužití pravomoci úřední osoby a porušení povinnosti při správě cizího majetku. Thoma je podezřelý, že v červnu 2010 podepsal dodatek ke smlouvě o dodávce počítačového zařízení a vybavení s pražskou společností Bit servis, aniž by ji schválila rada města. Primátor prý překročil svou pravomoc tím, že přidělil nadlimitní zakázku bez výběrového řízení a městu učinil smluvní závazek 37 milionů korun.

Thoma novinářům dnes řekl, že trestní oznámení podal proto, že úniky z policejních spisů jsou rakovinou právního státu.