Ačkoliv zadavatel od počátku jakékoliv pochybení ze své strany odmítal, ze spisu správního řízení vedeného antimonopolním úřadem vyplynulo, že ministerstvo učinilo v průběhu vydávání dokumentace v jejím obsahu neupřesněné úpravy. Došlo tak k závažné situaci, kdy ministerstvo dopravy vydalo části uchazečů odlišnou verzi zadávací dokumentace. Účastníci, kteří si dokumentaci vyzvedli v prvních dnech po zahájení tendru, měli k dispozici jiné informace než účastníci, kteří si USB disk vyzvedli později, tedy po zásahu úředníků ministerstva dopravy. Ačkoliv zadavatel tvrdí, že znepřístupnil „pouze“ osobní údaje některých osob, nelze vyloučit rozsáhlejší manipulaci s vydávanou dokumentací.

Způsob vydávání a rozsah dokumentace se stal předmětem stížnosti ze strany provozovatele mýtného systému Kapsch a poskytovatele finančních služeb mýta ČSOB. Oba subjekty namítaly, že dle platné smlouvy měla být dokumentace o živém systému zpřístupněna k nahlédnutí až kvalifikovaným uchazečům prostřednictvím kontrolovaného chráněného přístupu. Ministerstvem zvolený postup totiž nekontrolovaně zpřístupnil širokému počtu subjektů technologicky a kyberneticky citlivé informace, osobní údaje, firemní know-how a obchodní tajemství. Stalo se tak navíc formou nedostatečně ochráněných nosičů, navíc kvůli chybějícímu seznamu není zřejmé, komu byl vydán jaký obsah dokumentace. Tyto pochybnosti vedly k zahájení správního řízení ze strany ÚOHS.