Největší nesrovnalosti se týkaly půjčky pro Masarykovu univerzitu v Brně. Té ministerstvo financí poskytlo 1,7 miliardy v letech 2006 až 2010 na stavbu kampusu. Tato položka však byla vykázána chybně.

NKÚ také zjistil, že na účtu dlouhodobých podmíněných závazků k prostředkům EU ministerstvo vykazovalo částku o 3,5 miliardy vyšší, než odpovídala skutečnosti.

Žádné sankce ministerstvu nehrozí