Podmínky ministerstvo stanovilo pro přípravu projektu, samotnou stavbu i pro budoucí provoz elektrárny. MŽP například požaduje zajištění ochrany vody, půdy i ovzduší, zajištění minimální zátěže okolí při provozu elektrárny či garanci dopravy maximálního množství materiálu na stavbu elektrárny po železnici.

Postup ministerstva kritizuje například ekologické sdružení Calla

Ministr Tomáš Chalupa na tiskové konferenci uvedl, že z hlediska rozsahu bylo hodnocení dopadů dostavby Temelína na životní prostředí největším procesem svého druhu v historii ministerstva. Nevládní organizace a veřejnost podaly přes 60.000 připomínek, které bylo třeba vypořádat. Většina připomínek přišla z Německa a z Rakouska, kde se část obyvatelstva cítí jihočeskou jadernou elektrárnou ohrožena.