Žádosti hodnotila a doporučovala ke schválení Ekonomická rada AV ČR. Definitivně o podpoře jednotlivých akcí rozhodoval Akademický sněm AV. Například v roce 2011 Akademická rada AV takto z 90 projektů vyřadila 36 akcí a naopak 21 na seznam doplnila, uvádí zpráva NKÚ. Celkem AV za posledních šest let schválila stavební investice za 2,6 miliardy korun a nákup nákladných přístrojů za dalších 398 milionů korun.

Poté, co pracoviště stavbu nebo její etapu dokončila, měla podle pravidel předložit zprávu o jejím ukončení, kolaudační rozhodnutí a přehled skutečných nákladů. Ani jedna z kontrolovaných výzkumných institucí to podle kontrolorů neudělala. AV tak neměla informace o tom, jestli příjemci dotací splnili podmínky pro jejich čerpání a zda investovali poskytnuté peníze hospodárně a efektivně.