V letech 2011 a 2012 ministerstvo podle kontrolorů například zaplatilo dvěma externím poradcům 848.000 korun za mediální služby. „A to přesto, že ke konci roku 2012 disponovaly odbor kabinetu ministra a odbor tiskový a marketingu celkem dvaceti pěti zaměstnanci," uvedl NKÚ. V roce 2011 zase MŽP zaplatilo 240.000 korun za právní služby externí společnosti, jejíž hodinové sazby se pohybovaly od 5.878 korun do 12.747 korun. Ministerstvo přitom kontrolorům nepředložilo žádné dokumenty, které by dokládaly splnění objednávky.

NKÚ také zjistil, že ministerstvo mezi roky 2010 až 2012 ukončilo pracovní poměr s 427 zaměstnanci a za odstupné vyplatilo celkem 18,4 milionu korun. Ve stejném období přitom 318 zaměstnanců přijalo.