„Vážení a milí, v souvislosti s probíhající organizační změnou jsem považoval za nutné ukončit již dva týdny trvající diskusi mezi panem ministrem, panem náměstkem a mnou tím, že ke dni 31. ledna tohoto roku rezignuji jako ředitel odboru vysokých škol,“ citoval deník Česká pozice z dopisu, který Nantl rozeslal svým kolegům. Nantl tvrdí, že o odchodu uvažoval už dlouho.

Vysokoškolské reformy odmítla na začátku ledna většina akademických senátů univerzit. Univerzita Karlova dokonce vyzvala vládu, aby novelu neschválila.