Vznik tohoto centra podle informací ministerstva iniciovala doporučení vycházející z předběžných závěrů několika kapitol Auditu národní bezpečnosti. Ten podle všeho hodnotí různé druhy hybridních hrozeb, mimo jiné i terorismus, jako závažnou hrozbu pro vnitřní bezpečnost státu.

O zřízení centra rozhodl ministr vnitra Milan Chovanec (ČSSD) na jaře 2016. Pracoviště začne působit 1. ledna příštího roku. Nepůjde však o žádný nový úřad, pracoviště vznikne v rámci již existujícího odboru.