Ministr financí Miroslav Kalousek vysvětloval, že podřízení kontroly ministerstvu financí nebylo jeho rozhodnutím. My kontrolujeme ty kontrolory. „Evropská komise si prosadila, že ten audit kompletně bude pod ministerstvem financí,“ upozornil. Podle něj předtím kontrola byla přímo podřízena správci programu, a v tomto případě pochopitelně nemohla být nezávislá.  „Proto byla zařazena po ministerstvo financí, které žádný dotační program nespravuje.

Odmítá, že by ministerstvo mohlo zabránit problémům, které se objevily například v programu ROP Severozápad.  „My jsme ty projekty kontrolovali až ex post,“ vysvětluje. „A když jsme zjistili, že je to špatně a neproplatili bychom to, tak by se strhl strašný křik, že to politizujeme a nechceme levicové vládě v Karlovarském kraji ty dotace nechat proplatit,“ uvedl.