Politický spor kolem projektu stavby nové krajské nemocnice ve Zlíně-Malenovicích trval dlouho a trvat ještě s největší pravděpodobností bude. Podpora a na jedné straně odpor k projektu jde napříč opozicí i koalicí na Zlínsku. Pro novou nemocnici jsou například zlínští zastupitelé za SPD. ANO, které je na kraji s Čunkem v koalici zase projekt odmítá. Z řad opozice jsou ostře proti Svobodní a Soukromníci, kteří by nejraději rekonstruovali a rozšířili stávající Krajskou nemocnici Tomáše Bati, s tím, že by to podle nich a rovněž i posudků, které si nechali vypracovat, v konečném důsledku vyšlo levněji. Na prosincovém zastupitelstvu Zlínského kraje, které je aktuálně předmětem sporu, byl projekt schválen jen díky dvojici zastupitelů, kteří náhle změnili názor.  

Čunek jde tvrdě za svým „vysněným projektem“ a dlouhodobě prosazuje stavbu nového nemocničního areálu ve Zlíně-Malenovicích, investici v hodnotě 8 miliard korun. Do nového objektu by se poté „Baťovka“ (jak někteří familiárně Krajské nemocnici Tomáše Bati ve Zlíně říkají) přestěhovala s personálem i vybavením. Původní areál by pak byl využit jinak, což hejtman Čunek nehledě na spory kolem nemocnice již aktivně řeší (více ZDE). Mohla by tam údajně vyrůst nová rezidenční čtvrť nebo kanceláře.

Jenže věc má svůj háček. Čunek nemohl pro svůj projekt dlouho najít dostatečnou podporu. Projekt prvním hlasováním na zastupitelstvu zhruba v polovině minulého roku neprošel. Kraj jej nakonec odhlasoval až koncem roku na prosincovém zastupitelstvu. Zakopaný pes je v tom, jak k tomu došlo. Hlasování o projektu šlo totiž před zastupitele tzv. mimo program: o hlasování o tomto bodu nebylo dopředu informováno, jak ukládá radnicím a samosprávám zákon o krajích.

Na tento způsob reagovalo Ministerstvo vnitra (reagovalo na oznámení a podání v této věci) aktuálně pod vedením ministra Jana Hamáčka (ČSSD) a Zlínskému kraji doporučilo hlasování opakovat či alespoň potvrdit s tím, že tento způsob může být v rozporu s platnými zákony. Zlínský hejtman Jiří Čunek ostře zareagoval a sepsal peprnou odpověď ve formě otevřeného dopisu Hamáčkovi, ve kterém jej nepřímo nařknul z „politických her“ a zaspekuloval i o tom, že se Hamáček jako sociální demokrat snaží pomoci svým spolustraníkům na Zlínsku. A asi to nestačilo, jelikož nově Čunek sepsal další otevřený dopis, tentokrát adresovaný přímo předsedovi vlády Andreji Babišovi. V něm požaduje od Babiše nápravu (plné znění otevřeného dopisu Jiřího Čunka Andreji Babišovi naleznete na odkazu ZDE).