V roce 2008 přiklepl Středočeský kraj evropskou dotaci na výstavbu areálu Čapí hnízdo. Měla ho na starosti firma, která do roku 2007 patřila pod holding Agrofert. Momentálně je holding dočasně odložen ve svěřeneckých fondech předsedy vlády Andreje Babiše, ale tehdy dával jasně najevo, že holding řídí. Po dobu čerpání evropské dotace stála firma Čapí hnízdo mimo holding, ale po jejím vyčerpání se pod křídla holdingu vrátila.

Kdyby firma Čapí hnízdo zůstala po celou dobu součástí holdingu, evropskou dotaci určenou pro malé a střední firmy by pravděpodobně nezískala.

A to je právě ten problém. Policie se proto začala zajímat o to, zda ve spojitosti s Čapím hnízdem nedošlo k dotačnímu podvodu. Babiš byl jako ministr financí ve vládě Bohuslava Sobotky a později také jako vítěz voleb vydán nadvakrát ke trestnímu stíhání.