Při lednovém uvádění do funkce Sobotka uložil Němečkovi jako jeden z hlavních úkolů připravit zdravotnictví na zrušení většiny lékařských poplatků a snížení DPH na léky. Němeček tehdy uvedl, že se chce zaměřit také na stabilizaci nemocnic a českého lázeňství a počítá i s růstem platů zdravotníků, pokud na to resort bude mít prostředky.

Nejprve řešil Němeček výpadek příjmů nemocnic, které od ledna nevybírají od pacientů sto korun za den. Peníze jim chtěl dát z navýšených odvodů státu. Než s tím ale ministr financí Andrej Babiš (ANO) souhlasil, musel Němeček vládě předložit opatření, jimiž zprůhlední finanční toky ve zdravotnictví. Do návrhu zákona dal povinnost zveřejňování všech smluv zdravotních pojišťoven s ambulancemi a nemocnicemi a snížení rezervních fondů pojišťoven.