Marek Čmejla zahájil svou manažerskou dráhu ve finanční skupině Newton, kterou v roce 1994 založili další dva obvinění Petr Kraus a Antonín Koláček. Podle médií sehrála společnost Newton podstatnou roli při skrytém nákupu akcií mosteckých dolů. V roce 2001 Čmejla svůj podíl v Newtonu prodal a stal se manažerem Appian Group, která nedlouho poté ovládla strojírny Škoda Holding. V roce 2010 koupil Čmejla spolu s Jiřím Divišem a dalšími dvěma osobami dopravně strojírenskou Škodu Transportation.