Za nespokojeností prezidenta Miloše Zemana s nominantem na post ministra zahraničních věcí Janem Lipavským je prý rozdílný pohled na Izrael. „S prezidentem i Lipavským se shodneme, že Izrael je pro nás klíčový spojenec. Rozdílný názor ale máme v tom, že pan prezident chce přeložit velvyslanectví z Tel Avivu do Jeruzaléma. Částečně se už stalo. Všechny evropské státy jsou ale toho názoru, že by se to mělo dít, až když bude mírová smlouva Izraele a Palestiny,“ popsal Schwarzenberg. „Rozdílný postoj na umístění velvyslanectví nám nebrání býti nadále spojencem Izraele a také k všemožným stykům a spolupráci ve vědě a vojenství. Jsem toho názoru, že Lipavský má v tomto pravdu,“ doplnil.