Nedávno se podle MF DNES mezi oběma křídly odehrál zásadní spor o obsazení funkce předsedy Nejvyššího kontrolního úřadu. Zatímco premiér prosazoval poslankyni Zdeňku Horníkovou, Středočeši tlačili bývalého ministra Ivana Fuksu, patřícího do jejich skupiny. Oba politicky aktivní kandidáty nakonec občanským demokratům vetovala TOP 09 a obsazení křesla v čele NKÚ tak zůstává otevřené, ovšem kauza způsobila eskalaci vnitřních sporů v ODS.

Ty navíc přiživil premiér Nečas, když společně s ministrem Hegerem šel proti vlivnému poslanci Marku Šnajdrovi ze skupiny Středočechů. Nejprve prosadili, aby Všeobecná zdravotní pojišťovna ukončila projekt IZIP, aniž věc konzultovali se Šnajdrem, který ve VZP dělá předsedu správní rady. Následně pak odvolali ředitele Státního úřadu pro kontrolu léčiv, který byl dlouholetým Šnajdrovým spojencem.