Často medializovaný rozpor mezi Halíkem a arcibiskupem Dukou nedává veřejnosti pocit, že by římskokatolická církev oplývala stabilitou. Podle Halíka je však církev součástí společnosti, a je proto rozdělená podobně jako společnost. Při svých cestách po všech kontinentech planety Země prý poznal opravdové světce, lidi hluboké moudrosti a lásky, ale také bigotní omezence, arogantní „majitele jediné pravdy“ i pokrytecké podvodníky. „Tak je tomu ve všech náboženstvích,“ dodal kněz.

Co se týká jeho propíraného vztahu s arcibiskupem Dukou, až na výjimky si prý dobře rozumí. „S Dominikem Dukou jsme přátelé padesát let, spolupracovali jsme v disentu, v centru podzemní církve. Rozumíme si v mnohém, s výjimkou vztahu církve k politické moci,“ zdůraznil Halík, podle kterého arcibiskup ve svém postavení nemůže být ve vztahu k hlavě státu tak svobodný jako on. „Nicméně náš názor na to, kde je hranice mezi vstřícnou loajalitou a zahanbující servilitou, se prostě liší,“ vysvětlil v rozhovoru pro Týden.cz.