Úřad pro ochranu osobních údajů ještě před zavedením sKaret požadoval, "aby byla vyjasněna dostupnost údajů na kartě jiným subjektům". Mělo být také vymezeno zpracovávání osobních údajů a určena doba uchovávání provozních údajů a postupy pro zabezpečení karty před zneužitím pro případ ztráty a krádeže.

Ochranu údajně upravuje smlouva

Projekt sKaret dlouhodobě kritizuje například ombudsman Pavel Varvařovský, mimo jiné kvůli tomu, že mají mít platební i identifikační funkci. Ministerstvo se bránilo tím, že ochrana soukromí držitelů karet je upravena ve smlouvě s Českou spořitelnou, která systém karet provozuje, případně ve vyhlášce.