Úmyslnou manipulaci se spisem Finanční správa odmítá. Uvedla, že písemnosti zmiňované Ústavním soudem nebyly zatajeny ani nezmizely a jsou součástí spisu daňového subjektu vedeného u prvostupňového správce daně. Nejsou jen ve spise odvolacím, protože pro rozhodnutí o odvolání nebyly relevantní.

Rozdíly mezi spisy, které popsal Ústavní soud, jsou podle Finanční správy běžné, s ohledem na daňový řád. Ten předpokládá pro odvolací, respektive soudní řízení „selekci“ spisu.

Z neveřejné části spisu zmizelo přes 65 procent listin oproti původnímu stavu. Zbývající listiny jsou přečíslované a jejich pořadí změněné. „Ústavní soud též zjistil, že o uvedených změnách v daňovém spise neexistuje žádný úřední záznam ani jakákoliv jiná písemná zmínka,“ stojí v usnesení soudního senátu se zpravodajem Janem Filipem.