Proti předloze mají námitky vicepremiér Pavel Bělobrádek (KDU–ČSL), podle něhož by evidenci mělo mít na starosti spíše Ministerstvo vnitra jako správce centrálních registrů, a Ministerstvo financí. Podle něj by Ministerstvo spravedlnosti mělo náklady na zavedení centrálního registru ve výši 14 milionů korun zaplatit ze svého. Návrh se nelíbí také téměř polovině krajů, hlavně kvůli tomu, že by evidenci měli podléhat funkcionáři z jejich příspěvkových organizací.

Ministerstvo spravedlnosti by kvůli registru majetkových přiznání mělo podle předlohy zřídit nový odbor o 20 zaměstnancích, který by vykonával rovněž kontrolní a dohledovou činnost. Náklady na odbor a provoz registru byly vyčísleny na zhruba 12 milionů korun ročně. Nevládní organizace požadovaly, aby měl kontrolu na starosti nezávislý úřadu po vzoru Polska.