Filip Smoljak hospodaření v divadle kritizuje dlouhodobě. Sám vede s divadlem několik soudů kvůli právům po svém otci, zemřelém režisérovi a spoluautorovi cimrmanovských her Ladislavu Smoljakovi. Celou kauzu činí ještě složitější postoj tří jeho sourozenců včetně současného senátora Davida Smoljaka.

Filip Smoljak dlouhodobě poukazuje zejména na finanční transakce divadla s divadelní agenturou ECHO, kterou založil někdejší provozní šéf divadla Václav Kotek a po jeho smrti v roce 2019 ji převzala jeho manželka Alena Kotková a syn Vojtěch Kotek, známý filmový herec a režisér (který v Divadle Járy Cimrmana také vystupuje).

Smoljak upozorňuje, že do agentury jsou vyváděny téměř všechny prostředky z divadla, a ta následně po odečtení provize zpětně vyplácí herce a technický personál, kteří s ní mají uzavřené smlouvy. Již dříve Smoljak tvrdil, že při těchto transakcích (do kterých měly být zapojeny ještě jiné firmy) má docházet k finančním machinacím, na kterých vydělávali zejména Václav Kotek a Zdeněk Svěrák jako umělecký šéf divadla.

Nejsledovanější soud Smoljak vedl o podíl z autorských tantiém za cimrmanovské hry. Autoři totiž podle autorského zákona mají nárok na svůj podíl ze zisku každého představení. V případě cimrmanovských her činil tento podíl 12 procent, Smoljak požadoval, aby byl zvýšen na 14,5 procenta.