Zásadní chyby nové Metodiky:

1. Metodika předpokládá retroaktivní aplikaci na nyní hodnocené výsledky výzkumných organizací vytvořené v roce 2012 - poctivá práce všech výzkumníků na tvorbě výsledků podle tehdy platné metodiky (převážně v oblasti aplikačních výsledků), která byla vykázána v počátku roku 2013, nebude vůbec vzata v úvahu.

2. V Metodice je plánováno ohodnocení výzkumných organizací podle tzv. 2. a 3. pilíře. Pro tato hodnocení není vůbec připravována prováděcí metodika, není ani stanoveno, kdy tato hodnocení začnou.

3. Pokud bychom přistoupili na filosofii retroaktivního hodnocení výsledků z roku 2012, vypadne z hodnocení zcela část hodnocení týkající se aplikačních výsledků a zůstane pouze hodnocení publikací.