Jenže středověcí alchymisté ve skutečnosti o atomech, natož pak o jejich jádrech, neměli ani potu­chy, tedy logicky nemohli znalostí ja­derných reakcí využívat. Dokonce ještě nerozeznávali jednot­livé che­mické prvky a veškeré jimi zkoumané látky posuzovali jen podle jejich vnějších projevů a několika jednodu­chých chemic­kých reakcí, kterými se zabývali. Zrovna tak ještě neměli ani zdání o tom, že prvky se v přírodě vyskytují většinou jako směs různých izotopů, kdy různé izotopy daného chemického prvku od sebe rozlišuje nukleonové (hmotnostní) číslo. Nicméně pozoruhodnou vlast­ností jader­ných reakcí je to, že vznik zlata umožňují. Zlato ze rtuti bylo již v laboratořích vytvořeno, a to ostřelováním fotony vysokoenergetického záření gama ve fotojaderné reakci (buď v přímé re­akci, nebo v reakci s následnou radioaktivní přeměnou jádra rtuti elektrono­vým záchy­tem ve vý­sledný stabilní izotop zlata). A při složitější sérii postupných neutrono­vých fúzí s následnými beta rozpady byla z lehčích prvků vytvořena celá řadu prvků těžších. Jinak dnes platí, že lze mnohé prvky jadernými re­akcemi uměle vytvořit ze sousedních prvků Mendě­lejevovy ta­bulky. Ovšem společnou nevýho­dou takovýchto uměle prováděných transmutací na drahých zaříze­ních je tak malá či spíše mizivá výtěžnost, že o nějaké „průmyslové transmutaci“ nemůže být řeč.

Na druhé straně se v posledních dvou desetiletích rozrůstá skupina vědců, kteří v souvislosti s transmutací hovoří o dosud málo probádaném pro­cesu, označovaném za studenou jadernou (nukleární) fúzi. Nicméně pod jadernou fúzí se rozumí jaderná reakce, při které se spoje­ním dvou jader lehkých prvků vytvoří nové, těžší jádro, přičemž základním pro­blémem při syntéze dvou ato­mových jader je jejich vzá­jemné odpuzování, vyvolané kladným ná­bojem obou jader. A právě tento základní teoretický problém se nej­různějším badatelům, zabý­vajícím se stu­denou fúzí, nepo­dařilo vyřešit. I když se objevily snahy vysvětlit studenou fúzi mionovou katalýzou. Elementární částici zvanou mion, která se roz­padá na stabilní elektron, elektronové antineutrino a mionové ne­utrino, při studiu kosmického záření roku 1936 objevil Carl D. Anderson. Pod mionovou katalýzou se pak rozumí ja­derná fúze, ke které dochází za pomoci mionu jako katalyzátoru. Avšak s původem velkého množ­ství mi­onů, údajně se podílejících na transmutaci při tzv. studené fúzi, si dosud za­stánci mionové katalýzy nedokázali poradit. A tak většina stoupenců studené fúze do­spěla k názoru, že pokud studená fúze skutečně existuje, musí za ní stát dosud nepo­znané jaderné procesy, které nevy­plý­vají ze stávajících teorií.

Popravdě řečeno, za posledních dvacet let se vynořila celá řada hypotéz, které se snažily bez úspěchu vysvětlit efekt tzv. studené fúze. V několika posledních letech však i zde došlo k vývoji. Především již badatelé neho­voří o „studené fúzi“, ale o „nízkoenergetické nukleární reakci“, v ang­ličtině Low Energy Nuclear Re­action, zkratkou LENR. Podle novějších představ by LENR měla za­hrnovat jader­né jevy, které se liší od nám známého štěpení jádra (atomové elektrárny) nebo termo­nukleární fúze probíhající ve hvězdách (dnešní tokamaky). Přičemž nízkoenergetické nukleární re­akce spojené s transmu­tací by se údajně měly objevovat na rozhraní chemických a jaderných energetických oblastí při běžných teplotách a běžném tlaku. To je také důvod, proč nakonec něko­lik fyziků oprášilo hypo­tézu biologické transmutace, se kterou v minulém století přišel francouzský badatel Corentin Louis Kervran (viz minulý článek). Pokrok v teoretické oblasti u LENR by měla údajně přinést práce fy­zika Allana Widoma a Lewise Larsena, která je zakotvena v modelu elektro­sla­bého sjednocení. Widom-Larsenova teorie by měla splétat všechna dřívější vlákna expe­rimen­tálních důkazů do soudržného celku po­mocí dílčích, fyziky přijímaných interpretací. Widom-Larse­novu teorii (přesněji hypotézu) preferuje například NASA, zvažující možnost budoucího využití LENR reaktorů, u kte­rých by konstruktéři nemuseli řešit problémy s ionizujícím zářením.

Za ionizující záření je označováno záření alfa, beta nebo gama, rentgenové záření, nebo neutro­nové záření. Nejčastějším argumentem skeptiků při zpochybňování výsledků naměřených na LENR zařízeních pak bývá právě ionizující záření. Respektive skutečnost, že zde nebyla zjištěna žádná produkce záření gama: podle skeptiků tak výsledky dozimetrie jasně ukazují, že tu k jader­ným reakcím nedochází. Jinak řečeno, podle jejich mínění při produkovaných výkonech, které jsou při uvažované nízkoenergetické nukleární reakci v LENR reaktorech deklarovány, by mu­selo být vznikající záření lehce měřitelné. Je pravda, že při experimentech, při nichž byly pozoro­vány níz­koenergetické nukleární reakce, většinou nebylo naměřeno záření gama, tedy vysoce energetické elektromagnetické záření, vznikající při radioaktivních a jiných jaderných a subjader­ných proce­sech. Což také vítají konstruktéři LENR reaktorů, kterým by záření gama při­neslo ne­malé problémy se stíněním, podobné těm, co řeší konstruktéři reaktorů atomo­vých elek­tráren. Jenže řada bada­telů v posledních několika letech ve svých článcích oznamuje, že u prototypu LENR reaktoru na­místo očekávaného gama záření bylo naměřeno záření beta s poměrně malou pronikavostí.