Stal se redaktorem v několika denících a časopisech: v Národních listech (1917–1921), v týdeníku Nebojsa (1918–1920) a v Lidových novinách (od roku 1921). Z Národních listů odešel v roce 1921 na protest proti vyloučení svého bratra z redakce a proti politickému směřování listu, které vnímal jako zaměřené proti prvnímu československému prezidentovi Tomáši Garrigue Masarykovi.

Mnichovská zrada a po ní následující kapitulace znamenaly pro Karla Čapka zhroucení jeho dosavadního světa a osobní tragédii. Napsal tehdy, snad v předtuše brzké smrti: „Zdá se mi, že už tu nemám co dělat, byl bych tu směšnou figurkou, můj svět umřel, věřil jsem totiž v jakési závazky, v takzvanou čest ve smlouvě a podobné věci. Myslím, že bych se v téhle tlačenici nevyznal...“

Když se vzpamatoval z prvotního šoku, snažil se o ospravedlnění vládních a prezidentových kroků v situaci, která dle Čapka nenabízela jiná ospravedlnitelná řešení. Jako nemístné viděl v tehdejší situaci hledání viníků. Snažil se zabránit rozdělení národa a usiloval o jeho jednotu. Po abdikaci prezidenta Beneše se však stal jediným viditelným symbolem první republiky a často plnil roli „obětního beránka“. Součástí této kampaně se tak stávaly nejen četné urážlivé anonymní dopisy a telefonáty, ale i vytloukání oken Čapkova domu apod.

Zemřel na plicní edém dne 25. prosince 1938, tedy několik měsíců před okupací Čech a Moravy nacistickým Německem. Je známo, že gestapo plánovalo jeho zatčení.